Zegary w zbiorach Muzeum stanowią niewielką, ale bardzo ciekawą i urozmaiconą kolekcję. Do najstarszych zaliczają się zegary wieżyczkowe, stołowe, w swojej budowie nawiązujące jeszcze do zegarów wieżowych – jeden z nich został wykonany w Toruniu w 1603 roku, drugi – nieco mniejszy datowany jest na rok 1693. Z XVIII wieku pochodzą między innymi mały gabinetowy zegar w kształcie puszki wykonany z mosiądzu złoconego i sygnowany „Gunkel – Berlin”, duży wiszący szafkowy ze sceną koronacji Matki Bożej, czy tak zwane holenderskie szafkowe zegary stołowe. Największą grupę stanowią zegary powstałe w 1 połowie XIX wieku. Reprezentują je zegary skrzynkowe stołowe i ścienne, zegar podłogowy, zegary kominkowe, a wśród zegar w obudowie z brązu złoconego, wykonany w Paryżu około 1830 roku. Do wykonanych na początku XIX wieku należy niewielki zegar w kształcie postumentu z tarczą podtrzymywaną przez amorka i bardzo oryginalny świecznik wiszący z zegarem. Najmłodszym w kolekcji jest zegar kominkowy sygnowany L.M. Lilpop.